A partir de los años setenta, concentró su atención en el sitio de Palenque, Chiapas, uno de los más ricos en arte escultórico del área maya. Su labor de más de una década efectuando calcos, fotografías y dibujos de las esculturas de Palenque dio como fruto la publicación de la serie “The Sculpture of Palenque”, cuatro volúmenes finamente producidos, que contienen un registro minucioso del arte de esta gran ciudad. En 1973, Merle estuvo en el centro de un pequeño grupo de investigadores que se reunieron en Primera Mesa Redonda de Palenque. Esta reunión dio un impulso inusitado al estudio de la escritura y el arte maya, en un momento en que apenas se empezaba a entender el contenido histórico de las inscripciones. En años posteriores, Merle contribuyó a organizar ocho mesas redondas en Palenque, y a editar las memorias correspondientes, repletas de contribuciones importantes al estudio del arte, la escritura y la arqueología maya.

En colaboración con su esposo, Bob Robertson, creó el Pre-Columbian Art Research Institute (PARI), organización que ha promovido activamente el avance de los estudios mayas y la organización de las mesas redondas de Palenque, cuya organización pasó a cargo del Instituto Nacional de Antropología e Historia de México a partir de 1994. Actualmente, PARI mantiene un importante sitio de internet con abundantes recursos sobre la arqueología maya.

La actividad de Merle no ha disminuido con los años. Recientemente llevó a cabo un proyecto de documentación de las esculturas de Chichén Itzá por medio de calcos, y coordinó un proyecto de investigación arqueológica enfocado en los templos XIX y XX de Palenque, que ha contribuido a despejar muchas dudas sobre la historia dinástica y constructiva de ese importante sitio, revelando a la vez un conjunto importante de esculturas previamente desconocidas.